1923年6月，党的“三大”在广州召开，阮啸仙和谭平山、刘尔崧、冯菊坡四人代表广东党组织出席了大会。大会决定共产党与孙中山领导的国民党合作，建立广泛的统一战线。阮啸仙与到会多数代表这一主张。1923年10月，军阀陈炯明、洪兆麟、杨坤如妄图反攻广州。阮啸仙组织了以新学生社社员和青年团员为核心的“青年慰问队”30多人到前线慰军。
1924年10月19日，花县农民协会暨二区农民协会同时成立。阮啸仙代表省农民协会亲临指导，亲笔在会址五湖村王氏大家祠显承堂门旁书写了“坚忍卓绝为吾人本色，奋斗牺牲是我辈精神”的大对联，并在大会上讲了话。
1925年春，阮啸仙受党组织的委派，赴顺德帮助建立农会。同年10月，农民运动改为由中共广东区委直接领导，同时设立了区委农民运动委员会，阮啸仙任农委书记。为了集中力量从事农民运动，阮啸仙决定与国民党脱离关系。于是，他便在广州民国日报刊登“阮啸仙启事”，表示自动脱离国民党，专做农运工作。
1926年11月，中共中央设立农民运动委员会，毛泽东担任书记，阮啸仙和彭湃等为委员，领导全国农民运动。当年广东农村曾流行着这样一首赞扬他的童谣：“阮啸仙，阮啸仙，农民见了哈哈笑，地主见了哇哇叫！”
1927年4月12日，蒋介石在上海发动了震惊中外的反革命政变。广东的国民党反动派在蒋介石的授意下，也在4月15日对中国共产党人和革命群众进行了血腥的大屠杀。大革命失败后，阮啸仙成了南京国民党中央执监联席会议通辑的179名共产党主要干部之一。
1928年1月，阮啸仙受党组织的派遣，来到粤北仁化县，配合广州起义组织武装暴动。此间，朱德、陈毅率领南昌起义失败后保存下来的部分部队退到粤北，并在仁化县作短期休整。在朱德、陈毅等的帮助和支持下，阮啸仙组织了声势浩大的仁化农民暴动，建立了仁化苏维埃政府，阮啸仙被推选为苏维埃政府主席。在四面白色政权的包围中，他呕心沥血培养的仁化苏维埃红色政权巍然屹立了10个月之久，为大革命失败后探索新的革命道路作出了重要的贡献。
1928年春，阮啸仙奉命秘密转移到香港，住在鹅颈桥一个很不让人注意的地方。1928年6月 18日至7月 11日，中国共产党第六次全国表大会在莫斯科举行。阮啸仙在以李立三为团长的带领下，与邓中夏、苏兆征、李富春等人作为广东代表团代表，参加了由翟秋白、周恩来主持召开的这次会议。会上，阮啸仙就“六大”政治报告和农民与土地问题作了发言，对仁化农民武装暴动的斗争情况也作了详细的介绍。
1929年，阮啸仙奉党中央之命，从莫斯科回国，旋即参加江苏省委的领导工作。翌年春，奉调党中央宣传部工作。不久，又调任中共北方局组织部长，辗转于天津、内蒙、辽宁、上海等地。
1930年冬，阮啸仙赴沈阳指导中共满洲省委工作。1931年9月18日，日本帝国主义侵占沈阳，中共满洲省委遭到破坏，党的一批重要干部被捕。阮啸仙幸而走脱，只身潜回上海。1933年9至10月间，阮啸仙由中央交通员带领，从上海坐船到汕头，搭火车到潮安，乘船到大埔，然后步行到福建汀州，由中央苏区派来的4个红军大学战士护送，辗转进入中央革命根据地中心——江西瑞金叶坪村。
1934年9月，阮啸仙奉命调中央赣南省委，担任省委书记兼任军区政治委员。从10月上旬开始，中央机关和红一、三、五、八、九军团，先后撤离战场，隐蔽集结在于都县城及手都东北地区。为了掩护和支援中央机关和红军主力尽早集结和安全突围，阮啸仙于10月15日在于都县城谢家祠主持召开了赣南省、县、区三级干部大会，讨论和决定了反对国民党“围剿”和开展游击战争的问题。赣南省军民在阮啸仙、蔡会文、刘伯坚等人的领导下，积极收集物资器材，协助主力部队抢架浮桥。在赣南苏区军民的支援和掩护下，中央机关和红军主力组成的野战军8万多人，于10月21日至对日顺利突破了敌军设在安远、信丰间的封锁线，迅速突围西进。
1935年阮啸仙、蔡会文与赣南军区政治部主任刘伯坚等率领赣南省党政机关向赣粤边方向突围。在部队越过牛岭、畚岭之间的封锁线，经过信丰上小埂时，阮啸仙不幸被一颗流弹击中，壮烈牺牲。
