1991年6月29日（土）に東宝系にて劇場公開作品。TV版のラストから3年後のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス号乗組員はナディアの回想シーン以外では登場しない。この回想シーンは映画序盤で断続的に30分ほど続き、作画はテレビ版の流用である。TV版最終回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船長の子供も登場しない。当初はガイナックスが制作する予定だったが、監督の庵野秀明はテレビ版で燃え尽きたとして担当せず、プロットとキャラクターデザインを作った段階でガイナックスは予算を使い果たしてなお完成させることができず、残りをグループ・タックが制作した。ガイナックスはプロットとデザインの他、劇中のテレビ版のダイジェストの編集のみを担当。そういったドタバタが災いしてか、映画自体は高い評価は得られなかった。武田康廣の回想録によれば、このときグループ・タックに踏み倒した格好の5000万円が返済されるのは『新世紀エヴァンゲリオン』のヒット以降になる。
兴津和幸 渊上舞 沼仓爱美 山村响 内山夕实 藤田咲 野上尤加奈 市道真央 福原绫香 佐藤聪美 三森铃子 五十岚裕美 宫下荣治 津田美波 东山奈央 原纱友里 竹内良太 高桥伸也 置鲇龙太郎 中原麻衣 钉宫理惠 中田让治
杰森·苏戴奇斯 比尔·哈德尔 乔什·加德 丹尼·麦克布莱德 彼特·丁拉基 妮琪·米娜 斯特林·K·布朗 莱斯莉·琼斯 奥卡菲娜 蕾切尔·布鲁姆 扎克·伍兹 欧赫尼奥·德尔维斯 里尔·莱尔·哈瓦瑞 德芙·卡梅隆 贝克·班尼特 布鲁克琳·普林斯 阿尔玛·瓦萨诺 菲丝·玛格丽特·基德曼-厄本 桑迪·萝丝·厄本 吉妮西丝·坦尼翁
塔拉·斯特朗 斯科特·门维尔 格雷格·西佩斯 卡里·佩顿 海登·瓦尔希 凯瑞·华格伦 金伯莉·布鲁克斯 格蕾·德丽斯勒 米拉·维拉斯科 基思·弗格森 威尔·弗里德尔 大卫·霍恩斯比 菲尔·拉马 马克斯·迈特尔曼 杰森·斯皮萨克 克里·萨莫 弗雷德·塔特西奥 妮可·沙利文 米西·派勒 亚历山大·博林斯基
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山田康雄 增山江威子 小林清志 井上真树夫 纳谷悟朗 盐泽登代路 大塚周夫 平野文 潘惠子 吉田理保子 户田惠子 岛津冴子 绪方贤一 大宫悌二 藤城裕士 田口昂 喜多川拓郎 大泷进矢 河合奈保子