这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
本片根据士郎正宗的原作改编。
兴津和幸 渊上舞 沼仓爱美 山村响 内山夕实 藤田咲 野上尤加奈 市道真央 福原绫香 佐藤聪美 三森铃子 五十岚裕美 宫下荣治 津田美波 东山奈央 原纱友里 竹内良太 高桥伸也 置鲇龙太郎 中原麻衣 钉宫理惠 中田让治
杰森·苏戴奇斯 比尔·哈德尔 乔什·加德 丹尼·麦克布莱德 彼特·丁拉基 妮琪·米娜 斯特林·K·布朗 莱斯莉·琼斯 奥卡菲娜 蕾切尔·布鲁姆 扎克·伍兹 欧赫尼奥·德尔维斯 里尔·莱尔·哈瓦瑞 德芙·卡梅隆 贝克·班尼特 布鲁克琳·普林斯 阿尔玛·瓦萨诺 菲丝·玛格丽特·基德曼-厄本 桑迪·萝丝·厄本 吉妮西丝·坦尼翁
塔拉·斯特朗 斯科特·门维尔 格雷格·西佩斯 卡里·佩顿 海登·瓦尔希 凯瑞·华格伦 金伯莉·布鲁克斯 格蕾·德丽斯勒 米拉·维拉斯科 基思·弗格森 威尔·弗里德尔 大卫·霍恩斯比 菲尔·拉马 马克斯·迈特尔曼 杰森·斯皮萨克 克里·萨莫 弗雷德·塔特西奥 妮可·沙利文 米西·派勒 亚历山大·博林斯基
Noah Kaye Bentley Brennley Brown Zach Callison Skai Jackson Marsai Martin Andre Robinson Carlos Alazraqui Roshon Fegan Brad Grusnick Sam Lavagnino
山田康雄 增山江威子 小林清志 井上真树夫 纳谷悟朗 盐泽登代路 大塚周夫 平野文 潘惠子 吉田理保子 户田惠子 岛津冴子 绪方贤一 大宫悌二 藤城裕士 田口昂 喜多川拓郎 大泷进矢 河合奈保子